Существуют ли права при взаимодействии с органами власти?

Тут может существовать несколько мнений, варианты А и Б:
А. На Вашей стороне требования Статьи 621. ГК РФ "Преимущественное право арендатора на заключение договора аренды на новый срок"
1. Если иное не предусмотрено законом или договором аренды, арендатор, надлежащим образом исполнявший свои обязанности, по истечении срока договора имеет при прочих равных условиях преимущественное перед другими лицами право на заключение договора аренды на новый срок. Арендатор обязан письменно уведомить арендодателя о желании заключить такой договор в срок, указанный в договоре аренды, а если в договоре такой срок не указан, в разумный срок до окончания действия договора.
При заключении договора аренды на новый срок условия договора могут быть изменены по соглашению сторон.
Если арендодатель отказал арендатору в заключении договора на новый срок, но в течение года со дня истечения срока договора с ним заключил договор аренды с другим лицом, арендатор вправе по своему выбору потребовать в суде перевода на себя прав и обязанностей по заключенному договору и возмещения убытков, причиненных отказом возобновить с ним договор аренды, либо только возмещения таких убытков.
2. Если арендатор продолжает пользоваться имуществом после истечения срока договора при отсутствии возражений со стороны арендодателя, договор считается возобновленным на тех же условиях на неопределенный срок (статья 610).
То есть если Вами соблюдены условия договора и Вы обменялись письмами о согласии продления действия договора и Вы стали совершать действия, направленные на продление пользование арендованным имуществом и его улучшением для лучшего использования, то никто не сможет без нарушения Закона отнять у Вас это помещение. Любые действия со стороны властей, ФРС и прочих, фиксируйте актами, в письмах, предложениях, на диктофоны, а вдруг пригодится. Самозащита всегда всем нужна. Может потребоваться при жалобе в прокуратуру при подаче заявления о превышении полномочий или о самоуправстве. Ведь если Вам откажут в дальнейшей аренде, то не менее года, там никто не сможет (не должен) это помещение арендовать.

Б) Любая передача имущества в аренду имущества, находящегося в муниципальной собственности, возможно на основании договора аренды, заключенного в результате победы на открытых торгах на право заключения аренды. То есть, после окончания договора аренды, должны проводиться по новой торги на новое заключение договора аренды с соблюдением всей процедуры торгов, которые необходимы в этом случае. Но я не уверен, что федеральные власти имеют право участвовать в таковых торгах, то есть, опять же ФРС пролетает. А значит опять возвращаемся к возможной жалобе в прокуратуру и сбору информации по защите своих прав и интересов.

В любом случае - не сдавайтесь! Удачи!