могу ли вернуть деньги за телефон если на ремонте он более 45 дней?

можете, т к пока телефон лежал в сервисе - эти дни приплюсовываются к гарантийному сроку

Пишите заявление продавцу

Можете, если прямо сейчас, т. е. ДО завершения ремонта, который длится более 45 дней, и ДО получения телефона с устраненным недостатком, Вы письменно предъявите Продавцу свое требование.
Если же Вы отремонтированный телефон получите, то у Вас не будет законных оснований предъявлять претензии продавцу.
Ведь у Вас на руках будет телефон НАДЛЕЖАЩЕГО качества (с устраненным недостатком), при том что срок гарантии на него истечет на следующий день после завершения его ремонта.
Удачи.

ЗоЗПП РФ
Статья 19. Сроки предъявления потребителем требований в отношении недостатков товара

1. Потребитель вправе предъявить предусмотренные статьей 18 настоящего Закона требования к продавцу ...в отношении недостатков товара, если они обнаружены в течение гарантийного срока или срока годности....

Недостаток был обнаружен в период действия гарантийного срока, так что ваши требования подлежат удовлетворению.
Далее:
Выдержка из Статьи 18. Права потребителя при обнаружении в товаре недостатков

...В отношении технически сложного товара потребитель в случае обнаружения в нем недостатков вправе отказаться от исполнения договора купли-продажи и потребовать возврата уплаченной за такой товар суммы либо предъявить требование о его замене на товар этой же марки (модели, артикула) или на такой же товар другой марки (модели, артикула) с соответствующим перерасчетом покупной цены в течение пятнадцати дней со дня передачи потребителю такого товара.
По истечении этого срока указанные требования подлежат удовлетворению в одном из следующих случаев:
обнаружение существенного недостатка товара;
нарушение установленных настоящим Законом сроков устранения недостатков товара;....

Сроки устранения недостатков, как вы сказали, были нарушены, следовательно вы вправе рассчитывать на удовлетворение своих требований!

Да, прямым путём Вам уже не вернуть деньги.
Можно попробовать добиться, но маловероятно и тем более много суеты и потраченного зря времени, если всё же ничего не удастся!