Может ли Арбитражный суд утвердить мировое соглашение в случае, если ...

Мировое соглашение представляет собой соглашение сторон, то есть сделку, вследствие чего к этому соглашению, являющемуся одним из средств защиты субъективных прав, помимо норм процессуального права, подлежат применению нормы гражданского права о договорах, в том числе правила о свободе договора (ст. 421 ГК РФ). Таким соглашением, если оно утверждено арбитражным судом, стороны прекращают спор (полностью или в части) на основе добровольного урегулирования взаимных претензий и утверждения взаимных уступок.
В силу ст. 421 ГК РФ мировое соглашение может содержать любые не противоречащие закону или иным правовым актам условия. Полагаю, что если в мировом указать, что ответчик признал долг по таким-то накладным в сумме, превышающей заявленную в иске, то это, пожалуй, не будет подпадать под основания для отказа в утверждении мирового соглашения в смысле п. 6 ст. 141 АПК РФ.

Из Постановления Пленума ВАС РФ от 18.07.2014 N 50 "О примирении сторон в арбитражном процессе" следует, что стороны при заключении мирового соглашения могут самостоятельно распоряжаться принадлежащими им материальными правами, они свободны в согласовании любых условий мирового соглашения, не противоречащих федеральному закону и не нарушающих права и законные интересы других лиц, в том числе при включении в мировое соглашение положений, которые связаны с заявленными требованиями, НО НЕ БЫЛИ ПРЕДМЕТОМ судебного разбирательства. Если взаимные уступки сторон мирового соглашения, по мнению суда, не являются равноценными, данное обстоятельство не является основанием для отказа в его утверждении.

Во избежание рисков, следует серьезно подойти к содержанию мирового соглашения и, кроме условий, предусмотренных ст. 140 АПК РФ, учесть положения выше указанного Постановления.

случаи, когда АС может не утвердить мировое соглашение, четко описаны в АПК

Может не утвердить на основании статьи 139 АПК РФ, так как мировое соглашение не может нарушать права и законные интересы других лиц и противоречить закону. То есть доказательства увеличения долга должен потребовать. Необоснованное увеличение денежного требования на мой взгляд это и есть нарушение прав стороны.