ЭВРИКАААААА! Хочу ускорить работу винды. Но в винде много мелких файлов, и в программах. И скорость HDD

эта дилемма решается покупкой ССД

Элементарно - при форматировании установи размер кластера как 64К и даже если файл занимает 1 байт - будет занимать 64К - будет как крупный читаться.

Правда для чтения 100 файлов потребуется прочитать в N раз больше, но это не я обещал, что крупные читаются быстрее маленьких :)

Ты никак не избавишься от времени на позиционирование головки

Скорость не так важна, как критична именно скорость отклика. Всё что дольше 5 мсек - для комфортной работы на современных версиях винды недостаточно.
Механические жёсткие диски вообще малопригодны для чего-то кроме как залить на них архив и положить на полку.

Ну раньше это решалось следующими путями - отдельный контролер HDD, что нибудь 1/2/4+ ядерное и 512МБ-16+ГБ своего ОЗУ под кэш (вплоть до отдельных серверов). В паре с HDD на 10+к оборотов, объединенных в RAID-0 или подобное. За счет кэшей - приличная часть мелких файлов, или читалась заранее или уже была в кэш.
Но для домашнего сегмента - проще купить SSD под ОС и пару требовательных программ/игр, а HDD - под файлопомойку. На серверах - зачастую, тоже пришли к подобному (не во всех сценариях использования). Но не забывать бэкапить важные файлы с SSD - куда нибудь.

Никак это не сделать. Винда тогда будет обращаться не к мелким файлам, а к мелким частям крупного файла, что по сути одно и то же.
Все данные на жестком диске и так представлены непрерывно. На файлы их разбивает операционная система, исходя из данных загрузочного сектора (MBR), который в том числе является файловой системой.