Сильно ли плохо, когда на втором этаже ванная комната находится не над санузлом и кухней первого этажа?

Вот вам пример того что проектированием зданий должен заниматься проектировщик.
Осталось решить вопрос, как и где, соединить канализацию, водопровод и вентиляцию из ванной с ниже лежащими коммуникациями.
Иногда этот вопрос решают поднятием пола в ванной так чтобы в полу можно было провести все коммуникации. Или пропускают всё это в коробе через ниже лежащее помещение.
В любом случае надо искать наиболее правильный вариант. Иногда надо идти на компромиссное решение, что бы не решать подобные проблемы. Чаще всего такие проблемы имеют своё продолжение, в виде изменения начиная с фундаментов (дополнительный ввод для канализации и воды) и заканчивая кровлей (лишняя вентшахта) .

В частном доме что ли?
Лично я не вижу препятствий. Что залить кухню, что комнату, разница небольшая. А если сделать аварийный слив в полу, на случай прорыва воды, вообще ничего не будет. И канализацию пустить по наименее опасному маршруту. Лучше стояк сразу вниз, а там уже проще. Короче, просто надо все по уму продумать и просчитать все плюсы и минусы.

Но если это многоэтажка и снизу соседи, я бы не рискнула)

Плохо. Если зальете ванную, вода пойдет в жилые помещения внизу. Так что страхуйте перепланировку, чтобы было чем оплатить ремонт соседям снизу. Кстати, официально такая перепланировка запрещена.

Если стояк от ванной не пойдет через спальню или зал, а будет проложен в коридоре или кладовке, то проблем нет.:) ) Согласовывать это ни с кем вам все равно не придется.

Если у вас двухуровневая квартира, то можно. Если же это в многоквартирном доме, то категорически запрещено. СНиП 2.08.01-89. Вообще неплохо, стояки водопровода и канализация. Нормально.

Ничего плохого нет. И официально это можно утвердить. Называется это перенос мокрой зоны. Попросят сделать гидроизоляцию дополнительную.