Каким инструментом лучше удалить цемент в швах между кафелем и чем потом зачистить швы???

Неееет силикон не катит, для этого затирка есть. Сколько раз видел как силикон в ванной плесенью зацветает, а потом парятся люди как от неё избавиться.
Я обычно швы чищу диском от болгарки или сапожным ножом, но это свежий клей (вчерашний). Вы я так понял хотите совдеповскую плитку реанимировать положенную на раствор. Кропотливая работа, отколется плитка добавить нечем. Болгарка с тонким диском 1 мм, пыльно, но побыстрее чем шкурка.

Удалить и зачистить одновременно проще всего болгаркой. Оптимально - диск с алмазным напылением тощиной в 1,5 мм, диаметр 100 для сухого реза. Удалять цемент увлажнённым, в процессе - неплохо, если кто-нибудь будет параллельно поливать шов из резиновой груши. Но респиратор всё равно потребуется.
А силиконить швы.. . К засохшему силикону практически ничего не пристаёт, покрасить его невозможно,
+ к этому - остаётся эластичным.... Как вариант - посоветовал бы вновь замазать цементом, просто при разведении раствора добавляете силикатный клей ( жидкое стекло ) - будет влагонепроницаем абсолютно.
Цемент марки 500 - 1 часть по объёму, мелкосеянный песок - 4части, жидкое стекло - 1 часть. Вода - до получения однородной тестообразной массы при замешивании ( проще всего мешать дрелью с насадкой )
Удачи !

Увлажните, потом шпателем, потом сетку абразивную сложите вдвое и сгибом пошкурите

клей удаляется сразу после оклейки плитки влажным поролоном, а сейчас это будет проблема можно повредить эмаль, затирка тоже так же влажной поролоновой губкой практически сразу посла того как затерли швы, на след день будет тоже проблема, для ванной комнаты есть спец затирка противогрибковая, удачи.

Продаются специальные скребки для плиточных швов, в них вставлены- закреплены на винтах два лезвия с вольфрамовым покрытием. После зачистки -обработать антиплесенью, потом использовать обычную затирку для плиточных швов, только добавлять не воду, а ту же антиплесень. Когда затирка отвердеет - обработать2-3 раза швы специальной водоотталкивающей пропиткой.

Самый простой способ - плоская отвертка. А так, есть специальный скребок :)

а не боитесь что кафель отвалиться ???