Что должен сделать в данной ситуации охранник? см. ниже....

сообщить вышестоящему руководству вызвать органы мвд и тщательно запротоколировать всё включая местонахождение старшего на момент совершения

Должна быть у него инструкция.

По выявленному факту нарушения упаковки страший группы обязан проверить: нарушена только упаковка или емеет место факт пропажи оружия. Исходя из это старший группы должен действовать согласно ИМЕЮЩЕЙСЯ У НЕГО ИНСТРУКЦИИ ( так как если упаковка только нерушена, случай будет ограничен проведением служебного расследования, а если имеет место факт хищения оружия - там совсем другая программа).

написать рапорт или докладную.

Вызвать милицию (ОВД (УВД) на транспорте).

Немного непонятно, что значит охранники имеющие разрешение на ношение и хранение оружия - СОПРОВОЖДАЛИ груз оружия?

Во первых, разрешение на какой вид оружия? Холодное, огнестрельное, травматическое?

сотрудникам ЧОП - постановлением Правительства РФ - запрещено ношение огнестрельного оружия.

Дело в том, что правом перевозки оружия пользуются на территории РФ, определенные организации (Например ГЦСС РФ, её работу контролирует ФСБ РФ )

В случае, если опасный груз поврежден во время транспортировки - сотрудники сопровождавшие груз, обязанны поставить в извесность начальника поезда (как правило если это сотрудники ГЦСС у них в добвок собственные вагоны) и свое начальство, которое ставит в извесность органы МВД и ФСБ.

Сотрудник обязан нести ответственность за груз вверенный ему, в установенной законом и должностной инструкции - порядке

В контракте у него всё прописано.