Обвиняемый хочет предоставить судье подлинники документов (в свое оправдание).Как правильно это сделать,чтобы они не

Порядок приобщения к делу и исследования в судебном заседании доказательств, в том числе и документов, регламентирован в уголовно-процессуальном кодексе.
Рекомендовал бы сопроводить эти действия их фиксацией или подачей суду в судебном заседании письменного ходатайства об осмотре подлинника документа и при необходимости приобщения к делу ходатайства с копией документа.
Если подлинник документа приобщается к делу обязательно необходимо оставить себе его копию. Я бы рекомендовал заранее отсканировать его или сфотографировать.
Если предоставлять документы для обозрения, или, как сказано в ст. 87 УПК РФ, для сопоставления с имеющимися в деле доказательствами, это можно фиксировать с помощью видеосъёмки и отражения в протоколе судебного заседания, достоверность чего проверяется после окончания суда при ознакомлении с протоколом и подачей замечаний на протокол.
Конечно, лучше всего всё это сделает профессиональный защитник - адвокат. Он должен знать и порядок процессуальных действий, и их последовательность. Есть ещё и такие понятия как план защиты, тактика и цели защиты в уголовном процессе.

О приобщении к материалам дела документов заявляется устное или письменное ходатайство. Суду предъявляются оригиналы документов вместе с их копиями. Судья проверяет их соответствие, после чего приобщает копии к материалам дела, а оригиналы возвращает

Плюс ко всему, ведётся протокол судебного заседания, в котором и фиксируется Ваше ходатайство, а также решение судьи по нему. Ничего не потеряется.