Можно-ли оспаривать в суде нотариальное соглашение о выплате единовременной суммы в счет алиментов?

ну так есть ведь соглашение, если бывшая жена его подписала, то подавайте встречный иск за лжесвидетельство с ее стороны

Начнем с того, что ваше соглашение - филькина грамота.

Выплата алиментов авансом единой суммой невозможна. Вне зависимости от того, передавали вы деньги бывшей или не передавали - она все равно может подать иск о взыскании алиментов в обычном порядке (% от зарплаты ежемесячно) .
Выплата 2 миллионов ей по соглашению будет рассматриваться как ваша добровольная материальная помощь, а не как алименты.

Что касается требования бывшей передать ей 2 миллиона по соглашению - это требование удовлетворено не будет. У нее нет оснований требовать выплаты 2 млн единой суммой - повторюсь, составленное вами соглашение незаконно.

Что вам нужно сделать? Во-первых, вам нужно подготовится к тому, что 2 млн просто пропали (вы их подарили) и алименты в % от зарплаты вы все равно будете платить.
Во-вторых, это ВЫ, а не она можете подать в суд иск с требованием признать недействительным заключенное соглашение и вернуть вам 2млн, полученного по нему.
Скажите, что жена вас обманула, воспользовавшись вашей юридической неграмотностью, а теперь вы поняли, что соглашение незаконно и просите его признать недействительным.
Упирайте на тот факт, что в соглашении указано, что деньги УЖЕ выплачены. Если есть документы, подтверждающие, что вы снимали 2 млн со счета/ продали имущество по цене 2 млн - приносите их. Просите суд пригласить нотариуса, заверившего соглашение, как свидетеля.
Маленький шанс признать соглашение недействительным и взыскать деньги есть.

Но вы должны понимать, что самая вероятная ситуация - суд посылает лесом и вас и бывшую с вашим соглашением (т. к. соглашение недействительно) , бывшая подает на вас иск о взыскании алиментов "стандартным образом". Далее вы платите алименты в % от зарплаты, а ваши 2 млн просто оказываются в кармане бывшей.