В 1999г куплена квартира, зарегистрированна в БТИ что бы зарегистрировать в

А Вы уверены, что Вам надо в суд?
Сначала проверьте, когда в Вашем регионе образовалась Регистрационная палата, была ли она на дату регистрации Вашей покупки в БТИ.
Если БТИ действительно регистрировало Ваш договор, то скорее всего Рег. палаты еще не было, иначе БТИ выдало бы Вам только справки для дальнейшей регистрации.
Согласно п. 1 ст. 6 ФЗ "О гос. регистрации прав... " – "Права на недвижимое имущество, возникшие до момента вступления в силу настоящего Федерального закона, признаются юридически действительными при отсутствии их государственной регистрации, введенной настоящим Федеральным законом. Государственная регистрация таких прав проводится по желанию их обладателей. Государственная регистрация прав, осуществляемая в отдельных субъектах Российской Федерации и муниципальных образованиях до вступления в силу настоящего Федерального закона, является юридически действительной".
Исходя из этого, у Вас возможно уже есть с 1999г. право собственности на эту квартиру и Вам не требуется заявление пропавшего или умершего продавца, достаточно Вашего заявления и документов, зарегистрированных в БТИ.
А если рег. служба Вам уже отказала, то в суде надо оспаривать этот отказ (а не требовать признания права собственности) , и тогда и гос. пошлина будет определяться не от стоимости квартиры, а за подачу заявления об оспаривании решения или действия (бездействия) органов государственной власти, , т. е. - 200 руб.
Удачи.

Ну во первых госпошлина будет исчисляться не из рыночной стоимости, а исходя из оценки БТИ. Да и не понятен предмет ваших требований

А не вариант указать, что у Вас иск неимущественного характера?? ?
Тогда и госпошлина составит 200 рублей.