хочу купить квартиру по ипотеке (квартира с задолженностью по коммунальным платежам) как правильно составить договор?

Если это ипотека, то договор будут составлять юристы банка, а также риэлторская контора, представляющая либо интересы продавца, либо банка. Банк обязывает продавца представить весь пакет документов на продаваемый объект недвижимости, в частности справки из паспортной службы о зарегистрированных в квартире и справку-характеристику жилплощади, которую подписывает в т. ч. бухгалтерия. Если сумма задолженности все же нигде не будет отражена, на это нужно обратить внимание и попросить включить в договор пункт, обязывающий продавца погасить все задолженности, представив справку из бухгалтерии, подтверждающую отсутствие всех долгов (а также проверить долги по электроэнергии у поставщика электричества и позвонить на телефонную станцию, в т. ч. уточнить про межгород и интернет - если таковой имелся) . В договор нужно включить пункт о том, что продавец сможет получить 100% денег за продаваемую квартиру только в случае выполнения вышеперечисленных условий. Можно, конечно, выплатитть продавцу мЕньшую сумму денег, с учетом долгов, но если при оплате всплывет что-то еще, набежит очередная пеня, это "что-то" вряд ли удастся получить - лучше подстраховаться.
В любом случае долги прежнего хозяина на Вас не переходят - их должна получать жилконтора и прочие организации у должника либо добровольно, либо через суд (за 3 последних года).

заложите эту сумму в банковскую ячейку, где условием доступа будет справка об отсутствии задолженности по коммунальным платежам и электроэнергия и соответственно оригинал зарегистрированного договора купли-продажи
если после сделки продавец не погасит, то соответственно вы сможете использовать эти средства для погашения задолженности
а вообще вас страховая не пропустит с задолженностью

сторгуйтесь на сумму задолженности