При покупки квартиры, собственник, хочет в договоре указать стоимость 1млн. руб. Чем мне это грозит?

нет, не могут. НО на сумму, превышающую 1 млн, возьмите с него долговую расписку с условием возврата долга в случае признания сделки купли-продажи квратиры недействительной

Грозит это Вам тем, что оспорив сделку он вернет Вам только 1 млн. руб. , а себе квартиру.

Само по себе, указание покупной цены в заниженной сумме не грозит признанием договора не действительным. Но вот в случае признания договора не действительным или не заключенным по иным основаниям, Вы вернете квартиру, а Вам вернут только 1 000 000 руб.

если все документы в порядке, то вам ничего не грозит

Это могут быть как и нормальные люди желающие не плотить 13 % так и мошенники, очень распространенная схема, до сих пор на нее попадаются. Мое личное мнение-отказаться от сделки если не укажут реальную сумму, я не рисковал бы.

Недействительной, нет. Рискует только он. Аспектов много. Нежелательно отражать заниженную стоимость в договоре, если не уверен в продавце.

Лучше не рискуйте расписки, не расписки жизнь такая штука, если что в случае признания договора не действительным или не заключенным по иным основаниям, Вы вернете квартиру, а Вам вернут только 1 000 000 руб. как по договору, а Вы потом будете еще высуживать по расписки. Надо ли Вам это. Мошенников до хрена развелось.

нет. Заверенное нотариусам действительно.
Лишь бы цена везде была одинакова.