При покупке квартиры оказалось, что в договре указана одна площадь, а в паспорте БТИ - меньше. Чем это грозит?

Если у Вас в представленном кадастровом паспорте БТИ в графе "Примечания" (обычно внизу на первой странице) указано в связи с чем изменились данные о площади (напр. , ранее площадь была указана в учетом площади балкона или, что данные о площади приведены в соответствие с новым Жилищным кодексом РФ, или….) , то на основании такого кадастрового паспорта БТИ и на основании Вами поданного в Росреестр заявления о внесении изменений Вы можете внести такие изменения и у Вас всё будет соответствовать. Но это, если у Вас в квартире не произошло никаких других изменений, связанных с перепланировкой или реконструкцией (которые нужно будет «узаконить»)!! ! Т. е. если эти разночтения действительно связаны с указанием или неуказанием площади балкона. Просто до 2005 года площадь балконов и лоджий входила в общую площадь квартиры. В соответствии с новым Жилищным кодексом площадь балконов не входит в общую площадь квартиры. Наверняка Ваш продавец оформлял квартиру до 2005 года, поэтому в его документах так и осталась «старая» площадь, а поскольку никто (ни Ваш продавец, ни Вы - покупатель) не подавали заявление о внесении изменений в Росреестр с предоставлением кадастрового паспорта (с примечанием об основаниях изменений в площади) , то соответственно при регистрации Вашего права на Вашем свидетельстве о регистрации права «вышла» такая же «старая» площадь.
Внесите изменения и никаких проблем не будет

Смотрите какая площадь указана в свидетельстве о регитсрации права

Это грозит несоответствием представленных данных. Регистрацию такой договор не должен пройти, проще переделать договор и предоставить в нем точные данные! Это не проблема.