Срок сдачи дома в эксплуатацию истек в январе этого года.

Если Вы подписали доп. соглашение о переносе сроков сдачи дома в эксплуатацию, то о каких неустойках может идти речь?? ? Дополнительное соглашение-это, с Вашей, стороны согласие на то, что "продукт"(объект недвижимости) Вы получите чуть позже. Дополнительное соглашения-это гражданско правовой элемент договорных отношений, который регулирует отношения между сторонами договора. Смотрите соглашение, о чем оно? Если Вы подписали документ (а это скорее всего) в котором не предусмотрена неустойка за просрочку исполнения обязательств по основному договору, то о штрафных санкциях забудьте и ждите либо следующей просрочки (и тогда думайте, что подписываете) , либо примите по акту готовый к эксплуатации объект.

Вы его зарегистрировали в УФРС? А зачем подписывали, может там ещё какие моменты указаны не в Вашу пользу?

строительная организация может и дальше продлять сроки ввода дома в эксплуатацию

Ничего Вы, увы и ах, не получите... Я такое "дополнительное соглашение" подписывала 3(!!!!) раза, т. к. срок сдачи дома продлили в общей сложности на 1.5 года! А должны были построить за полтора года. Мне потом руководство фирмы, в ответ на моё обоснованное возмущение, предложило: "Хотите, мы Вам стяжку сделаем? ". Я отказалась ( стяжки по договору не должно было быть) , т. к. никакой уверенности, что они эту стяжку зальют качественно, у меня не было, а переделывать потом за ними - лишние деньги.