Мать, взрослые сын и дочь проживают в приватизированной ими 2-хкомнатной кв. Сын и дочь получили наследство, 1-комн. кв.

Если между собой договорятся, то проблем никаких нет. Составляете договор мены, где предметом мены будут доли в праве собственности на ту или иную квартиру. Стоить это будет не дорого, только госпошлина за регистрацию сделки в рег. палате. Если квартиры в разных городах, то и регистрировать договор придётся в разных городах.
Проще сделать иначе. Дочь дарит свою долю в праве собственности на 1-комнат. квартиру брату, а тот ей дарит свою долю в праве собственности на двушку. Два договора. Регистрация каждого договора в том городе, где находится квартира.
При уплате госпошлины цена квартир не имеет значения. Каждая сторона платит по 500 рублей за регистрацию договора. А за регистрацию перехода права собственности платит новый собственник. При этом за долю в двушки 333 рубля, то есть 1/3 доли. За однокомнатную - 500 рублей, так как регистрируется переход права на 1/2 доли.

Составьте ДОГОВОРЫ МЕНЫ в простой письменной форме то есть можно без нотариуса, согласно которого две стороны меняются долямив квартире. Затем берете 4 экземпляра договора, документы правоустанавливающие (то есть на оьснвании чего у вас собственность возникла) , техпаспорта и кадастровые паспорта на квартиры, оплатите госпошлину за регистрацию и идете в 1-ую на выбор рег. службу (то есть по месту нахождения 1-ой доли) . У вас примут документы и приостановят регистрацию до того момента, пока ВЫ не принесете документы о том, что сдали в рег. службу документы по второй квартире. После этого Вам выдадут расписки где будет указано когда каддая из сторон может получить свидетельства о собственности.

Договариваетесь друг с другом, либо заключая договоры дарения, либо купли продажи. Как дорого обойдется? А разница в цене квартир какая? А пошлины везде одинаковые, государственные, сходите в рег палату и узнаете.