16 лет назад мать прописала гражданскую жену и её сына в муниципальное жилье, через год родился общий ребёнок, год назад

вы что-нибудь о договоре социального найма слышали? а со своей бывшей разбирайтесь сами, ирина

нет, не можете. В муниципальном жилье у всех права равны

С рег. учета скорее всего не снимите. Если за коммуналку (при отсутствии счетчиков) платите сами, подавайте иск в суд о взыскании с нее и ее сына доли долга за коммуналку а также половину за совместного сына. (обязанность у обоих родителей содержать своих несовершеннолетних детей.
Только помните, что, согласно ст 196 ГКРФ, срок по взысканию долга составляет три года. При желании можете подать иск в суд об определении места жительства ребенка с Вами и взыскании с нее алиментов на его содержание
Если есть основания для лишения родительских прав ..(ст 69 ГК РФ)

А у Вашей матери была гражданская жена?!!! как интересно, и ребенок совместный есть?!!!:)))

Вот, что говорит о Вашей ситуации законодатель - Если гражданин перестал быть членом семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма, но продолжает проживать в занимаемом жилом помещении, за ним сохраняются такие же права, какие имеют наниматель и члены его семьи. Указанный гражданин самостоятельно отвечает по своим обязательствам, вытекающим из соответствующего договора социального найма (ст. 69 Жилищного кодекса РФ) .
Статья 90 (того же кодекса) - выселение нанимателя и проживающих совместно с ним членов его семьи из жилого помещения с предоставлением другого жилого помещения по договору социального найма
Если наниматель и проживающие совместно с ним члены его семьи в течение более шести месяцев без уважительных причин не вносят плату за жилое помещение и коммунальные услуги, они могут быть выселены в судебном порядке с предоставлением другого жилого помещения по договору социального найма, размер которого соответствует размеру жилого помещения, установленному для вселения граждан в общежитие.
Попробуйте обратиться к собственнику Вашей квартиры с описанием Вашей ситуации. Скорее всего это местная администрация. Пусть выйдут в суд с соответствующим иском о выселении.