квартиру купила по договору купли-продажи за 990 тыс руб. , а фактически за 1 мил. 550 тыс руб. ( о доплате есть расписка

Ну, что ж, Вас можно "поздравить"!
Вы дали возможность Продавцу квартиры избежать уплаты налога с дохода от продажи (с суммы превышающей 1 млн. руб. , т. е. съэкономить 71,5 т. р.) .
Но сами при этом, как Покупатель, Вы потеряли возможность вернуть налог (13%) от фактической суммы заплаченной за квартиру.
Согласно л. п. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ, Вы могли бы получить налоговый вычет на сумму 1550 т. р (и возврат налога в сумме 201,5 т. р.) , но из-за занижения цены в договоре теперь имеете право на вычет в сумме 990 т. р. (и воврат налога в только сумме 128,7 т. р.) . Разница - 72,8 т. р.
Продавец их съэкономил, а Вы их (чуть больше) потеряли!
Но если для Вас эти ~ 73 т. р. несущественны, то и не стоит переживать - спокойно наслаждайтесь жизнью в новой квартире.. .
Тем более, что изменить что-либо практически нереально, да и чревато неприятностями.. . Не станете же Вы предъявлять эту расписку в налоговой, ведь это фактически Ваш с ним сговор в целях его уклонения от уплаты налога в полном размере.. .

И что же дальше ?

и чего от нас вы хотите? если речь идет о возврате налога, то только с суммы 990т. р. а расписку можете повесить в рамочку!

круто! мы вас поздравляем!