должна ли я платить налог от продажи комнаты

Куда потрачены (и потрачены ли) деньги, вырученные от продажи недвижимости, значения для налогообложения не имеет. Важен факт продажи и то, что проданное имущество было в собственности менее 3-х лет.
Поэтому то, что Вы деньги предполагается потратить на покупку другого жилья, от обязанности представлять декларацию и уплачивать налог на доходы физических лиц не освобождает.
В Вашем случае:
Налог уплачивать не надо. Точнее он составит 0 рублей, так как комнату Вы продаете дешевле 1 млн. руб.
Декларацию подать - нужно обязательно. Эта обязанность не зависит от суммы налога (он может быть и нулем как у Вас) - только от того, что проданная квартира была в собственности менее 3-х лет.
Декларация подается до 30 апреля года, следующего за фактом продажи, т. е. , если комнату Вы продали в этом году, то декларацию должны представить до 30 апреля 2014 года. Нарушение срока влечет за собой штраф - в Вашем случае он будет 1000 рублей. Так что обязательно подайте декларацию и не опаздывайте.
Сама декларации называется 3-НДФЛ. Ее форму можно найти на сайте налоговой службы. Там же найдется и программа для заполнения - ничего сложного в этом нет.
Искать форму и заполнять декларацию советую после 1 января, так как форма декларации на 2013 год может измениться.
Представляется декларация в налоговую инспекцию по месту Вашей регистрации. Можно это сделать по почте или лично.

Только с дохода больше 1 млн. Но декларацию подать все равно надо.

Обязательно.

по общему правилу 13%, но имеете право на налоовые вычеты, которые могут уменьшить налогооблагаемую сумму до 0.