Хочу купить квартиру в 3-х этажном доме, построенному по ИЖС. Законно ли это, не снесут ли его ?

Точный ответ на ваш вопрос требует работы, которая меньше четвертака ни в одном регионе РФ не стоит, просто потому, что работы много и она непростая.

Суть вам излагают верно - ИЖС не согласовывается для МКД, но чудеса случаются, ведь мы же в России, так что решения существуют, причём, вполне законные.
С учётом вашей очевидной экономии в том случае, если дом в итоге устоит, не поскупитесь на услуги хорошего юриста-жилищника, только к риэлторам не ходите, т. к. у них, даже у хорошо знакомых и действительно юридических грамотных, мозг под иные задачи заточен.

Снесут

99%, что снесут. На землях ИЖС такие постройки запрещены.

на участках ИЖС нельзя строить МКД. А у вас МКД (дом с двумя и более жилыми помещениями- квартирами) , не покупайте себе проблему.
купите жилое помещение - жилой дом на участке под ИЖС, или квартиру в МКД.

снесут
Ограничение только скорость суда

Опасно. Случаи уже имеются. С того момента как вы получите свидетельство о собственности на квартиру находящуюся в ИЖС сразу ваш дом станет "многоквартирным". А для многоквартирного дома для его постройки требуется разрешение администрации, которое естественно не получалось поскольку строилось как ИЖС, он становится с нарушением целевого назначения и подлежащий сносу. Жилец получающий свидетельство на свою только квартиру подписывает приговор не только себе но и всему дому.