Квартирный вопрос.. что делать?

Первая жена умерла, у нее наследники - родители, муж, дети. Квартира приобретена в браке, поэтому 1/2 доли в праве принадлежат жене и входят в наследственную массу. Сейчас, без применения сроков исковой давности, ее родители и сын могут заявить иск о признании права на свою долю наследства, так как фактически его приняли, пользуясь имуществом умершей, как своим собственным. И, следовательно, Вы - владелец не всей квартиры, и не имеете права дарить ее всю, а только свою долю.
Так что Вам следует сначала с этим разобраться.
А вторая жена, даже если зарегистрирована в этой квартире, не приобретает на нее прав собственности. Ее разрешения спрашивать не надо. Но она может унаследовать после Вас. Поэтому - для начала лучше написать завещание на сына, это вопрос пары часов у нотариуса, а потом уже заниматься всем остальным. А завещание потом можно изменить или отменить, когда сын станет собственником всего жилья.
Либо доказывайте, что квартира не является имуществом, совместно нажитым в браке с первой женой.

можете передать квартиру старшему сыну от первого брака без затруднений и ограничений

Ну, право собственности у неё не возникнет....

Вторая жена, пока прав на квартиру не имеет. Переписать - не такой сделки. Не чудите. Человек Вы уже взрослый. Сыну можете подарить или продать. Согласие жены не требуется. Но нужно быть готовым, что специалист Росреестра может его потребовать, при Вашем с сыном обращении. В таком случае, это можете устранить либо путем обращения к руководителю Росреестра либо в суд.

Скажем так, права собственности у нее на эту квартиру нет и при разводе претендовать на половину не сможет.

Квартиру переписать можете

Вторая жена не имеет никаких прав на квартиру!

А на кого приватизирована?

Недвижимость приобретена до брака и не является общим совместно нажитым имуществом.
(Семейный кодекс РФ, глава 7, статья 36). У неё может возникнуть право пользования (прописка) ТОЛЬКО с Вашего согласия, так же, впрочем, как и право собственности.

Нет, если ты ее не переписал на нее

Вторая жена является наследником первой очереди, в любом случае она будет делиться с Вашим сыном 50 на 50. Хотели квартиру сыну оставить, теперь никак!!!! Жениться не надо было!!!!