Налог при продаже недвижимости в 2016г. За счет чего уменьшается налоговая база?

1. Правильно. Вы можете применить фиксированный вычет при продаже в 1 млн. руб. (и только такой, потому что долю в квартире Вы получаете безвозмездно - по наследству).
Имейте в виду, что вычет в 1 млн. руб. Вы можете применить только в том случае, если в договоре будет четко указано, что продается именно доля. Если продаваться будет квартира, в которой Вам принадлежит доля, то вычет будет делится пропорционально именно доле. Так что договор нужен на отдельную долю.
2. Сам по себе ремонт и погашение ипотеки деньгами, вырученными от продажи доли, не уменьшает налогооблагаемый доход и налог.
Затраты на гашение ипотеки относятся к отдельному виду вычета - имущественному на приобретение жилья. Его Вы можете заявить, если ранее таким вычетом не пользовались.
А право на это у Вас появится только после подписания акта приема-передачи на Вашу новосторойку.
Так что если акт будет подписан в том же 2016-ом, когда продана доля (или он был подписан раньше), - сможете заявить вычет и уменьшить налоговую базу в виде дохода от продажи унаследованной доли. А если нет - то нет.
Расходы на ремонт в вычет можно включить в том случае, если в акте приема-передачи будет четко сказано, что передается квартира с недоделками (и приведен их перечень).

покупка - и ремонт - это другая песня, а вот подумать ремонте и расходах продаваемой квартиры можно - ремонт пойдет в зачет.

Если Вы действительно хотите решить свою проблему, сначала спросите у юристов, как поступить правильно, а то можно и дров на ломать. На этом сайте можно бесплатно получить ответы у юриста arendaiprodazha.ru/lawyers