Как будет рассчитываться налог при продаже квартиры и покупке 2-х квартир на эту сумму?

а вы не мешайте продажу квартиры - налог 13 % с суммы выше 1 млн
и возможность вернуть (один раз в жизни) 13 % с 2 млн
никаких взаимозачетов не бывает, бывает правильно заполненная налоговая декларация

если продаваемая квартира была в собственности более 3 лет, то при продаже налога не будет
возврат налога максимум с суммы 2 млн, а купить квартиру вы можете и за 10 млн.

взаимозачета " за какую сумму купила, за ту и продала" нет, есть уменьшение налогооблагаемой суммы

на одну квартиру

Уважаемая Лорпа! Как бы Вам не хотелось иначе, но понятия «взаимозачет» в Налоговом кодексе, действительно, отсутствует. Поэтому Ваш вопрос сформулирован несколько некорретно и ответить на него так, как Вы требуете, - однозначно и коротко — не получится.
Начнём сначала.
Законодатель установил, что все доходы физического лица облагаются налогом (его по привычке называют подоходным). И доходы от продажи имущества, бывшего в собственности менее 3-х лет (а сейчас в некоторых случаях -5-ти), к ним тоже относятся. Так что обязанность отчитываться по продаже квартиры, купленной в 2015-ом году, и рассчитывать налог у Вас в любом случае есть.
При этом совершенно неважно, что деньги, вырученные от продажи квартиры, потрачены на какие-то еще покупки — закон этого никак не учитывает. Так что факт покупки другой квартиры (квартир) на эти средства сам по себе уплату налога с доходов от продажи не отменяет. Никак.

Однако при расчете подоходного налога разрешено доход уменьшать — вычетать из него определенные суммы расходов. Они называются вычетами (потому что «вычитаются»).
Вычетов много и он разные.
Есть вычет на продажу недвижимости. Он может использоваться много раз — при каждой продаже, хоть ежегодно. Кстати, то, что Вы назвали «взаимозачетом за что купила, за то и продала» - это именно он и есть, вычет на продажу недвижимости. В одной из своих разрешенных форм — в виде расходов на приобретение проданной теперь квартиры. Вы и сейчас можете таким воспользоваться.
А есть вычет на приобретение недвижимости. Он предоставляется один раз в жизни и только на 2 млн. руб. С 1 января 2014 года его можно заявить не с одного объекта (квартиры), а с нескольких, т. е. 2 млн. руб. можно выбрать одной квартирой, а можно — добавить недостающую сумму с покупки другой.
Вычет на продажу и вычет на покупку — это разные вычеты. Независимые друг от друга. И у каждого — свои условия применения.
Поэтому нельзя однозначно сказать, что покупка новой квартиры (или квартир) на деньги, вырученные от продажи старой квартиры, позволит налог не платить, потому что, мол, «произойдет взаимозачет».
Но можно утверждать, что при определенных условиях («правильно заполненной декларации») факт новой покупки может помочь значительно снизить сумму налога. А может быть даже и в ноль превратит.
Заметьте: не сразу и не автоматом, а при соблюдении нескольких важных условий. Часть из которых нам неизвестны. Например, на кого оформлена купленная в 2015-ом квартира, за какую сумму куплена, на кого собираетесь оформлять новые квартиры (на то же лицо или на разные).
Так что, не обижайтесь, информация будет опять общая.

Итак: первое условие — не разу еще не пользоваться вычетом на покупку — исполнено.
Второе: продажа старой квартиры и оформление права собственности (не просто покупка, а именно оформление — это важно!) на новые должны пройти в одном и том же году. Предположим, так и случилось.
Так же считаем, что старая и новые квартиры будут принадлежать одному и тому же человеку.
Тогда в декларации нужно будет сделать следующее:
- отразить доход от продажи квартиры 3 млн. руб.
- заявить вычет на продажу. Можно фиксированный в 1 млн. руб., а можно — в сумме, потраченной в 2015-ом году на ее покупку
- заявить вычет на приобретение недвижимости в размере 2 млн. руб. Его можно «собрать» из стоимости одной новой квартиры целиком (1,5 млн. руб.), а недостающие 0,5 млн. руб. - взять с другой новой квартиры (это не запрещено).
В таком раскладе, налог превратится в 0 рублей. А может быть, еще и останется, что возвращать.