Как переоформить договор купли-продажи ?

Цена согласована сторонами в договоре. Договор заключен. И исполнен (если не только переданы деньги, и объект передан). Т. е. расторгнуть исполненный договор невозможно.
Нит оснований у вас ничего требовать с покупателя.
Непонятно, что там с продажей долей кто - кому, и что конкретно не понравилось Регистратору.
Неизвестна дата заключения договора.
Есть изменения по правилам отчуждения долей с 29 дек 15 года и со 2 июня 16 г.
Что это такое, непонятно:
"Потом через 3 дня рег. палата заявила, сделка не прошла, т. к. надо оформлять остальные 1/4 вместе с 3/4 долями вместе (собственники разные).".
Вы не обязаны одним договором продавать доли, имеете право по отдел. договорам отчуждать доли.
Может необходима была нотар. форма договора.
Включайте ноги, идите к регистратору. берите уведомление о приостановлении рег. действия. там основания. Забирайте доки и идите к юристу консультироваться с доками.

покупатель один и тот же?

Что за выписка о рыночной стоимости?

О чём вы думали, когда первоначально договаривались о стоимости 3/4 долей?

Судя по всему вы думаете уйти от налога через два договора.
Для требования денежек с покупателя нужно сначала вернуть ему все деньги,

а остальную долю тоже продают, так должны были знать что по долям цена всегда намного ниже чем вся комната. Вам надо было вместе с другим собственником доли объединиться и продавать всю комнату одновременно. теперь верните деньги и вместе со вторым собственником продавайте вместе одним договором и по более высшей цене