Купили квартиру, в комнате поставили гипсокартонную перегородку, т. к. квартира была в залоге ничего не оформляли.

Лучше оформить конечно. Потом новый собственник, может признать договор купли продажи недействительным. Дешевле будет наверное просто снести эту стену. Так как чтобы узаконить перепланировку необходимо делать заключения, СЭС, пожарное и тех. заключения.

если будет мешать сделке - уберите

Попробуй с покупателем договориться. Или они самостоятельно оформят или снесут или ты снесешь, но так, что покупать потом не захотят. Договаривайся. А то снесешь, а они покупать откажутся.

Вариантов несколько.
1. Узаконить. Дорого и хлопотно, зато продать можно дороже и покупатель найдется быстрее. Риск тот, что затраты на документы могут превысить выгоду от продажи, а потраченное на хлопоты время превысит время поиска покупателя. Зато круг потенциальных покупателей будет намного больше.
2. Найти покупателя, которому все равно. Самый простой вариант для Вас, но трудноисполнимый в условиях перенасыщенного рынка недвижимости и дефицита людей с реальными деньгами. А продажа с ипотекой, как справедливо заметили выше, будет недоступной. Поэтому такая продажа подразумевает уступку в цене, что бы сделать вариант привлекательным.
3. Снести перегородку и вернуть квартиру в соответствие документам. Крайняя мера, т. к., испортит ремонт. Можно применить только, если по каким-то причинам не выйдет узаконить и не найдется покупатель, желающий купить с неузаконенной перегородкой.

если узаконите перепланировку, то продать квартиру выгодно будет проще.
если не узаконите, то ищите покупателя только за наличку, т. к. все, кто в ипотеку приобретает, проводят оценку и оценщик увидев вашу перепланировку, попросит документы.

Лучше узаконить. Тем более можно по эскизу:
http://resog.ru/pereplanirovka-po-eskizu/