Жилищный фонд коммерческого использования чем отличается от обычных квартир? Что будет если использовать как квартиру?

В отличие от индивидуального жилищного фонда жилые помещения в фонде коммерческого использования используются для извлечения прибыли путем заключения договоров возмездного пользования. Жилищный фонд коммерческого использования может принадлежать на праве собственности, как частным лицам, так и публичным образованиям.
гл. 2 ст. 19 п. 4 ЖК РФ
http://www.buhgalteria.ru/gilichniy-kodeks/glava2/stat19/

Вы вообще не понимаете о чем говорите.
И квартира может быть в фонде комм. использования.
И квартиру не надо "переводить в квартиру".
Квартиру можно из одного фонда в другой перевести.
Все квартиры- "обычные".
У всех квартир есть собственники- физлица, юрлица (редкие исключ. не рассм. сейчас),
Из юрлиц - м. б. в публич. собственности - гос. собственности (федерал. или субъекта федерации) или муниципальной,
или в частной.
Собственник- физлицо может сам жить (или с членами семьи собственника). Может сдавать по дог. найма, или по соглашению, дог. безвозм. пользования предоставить в пользование кому-то.
Юрлица жилые помещения предоставляют в пользование физлицам, тем или иным договором. Госорганы на основании договора - на основании закона.
-----------
Т. е чем буровить,
лучше бы Вы написали, что там у Вас в реале и чего хотите.

жилищный фонд коммерческого использования и есть квартиры которые собственник сдает не в социальный найм а в коммерческий, то есть за арендную плату и наниматель не сможет перевести в собственность на себя или что то другое вы имели в виду