В какой раздел договора купли-продажи квартиры включить пункт "о зарегистрированных в квартире лицах"?

Совершенно в любой. По логике я бы его включила после описания квартиры . Как правило в начале пишут реквизиты сторон, потом реквизиты объекта недвижимости, потом его краткое описание - этаж, метраж. Вот после этого можно включить пункт о зарегистрированных лицах и обязательства собственника об условиях снятия их с регистрационного учета.

в "Особые условия"

Свободная квартира должна быть на момент продажи.. Всех снять с регистрации и точка..

те, кто сам прорабатывает и готовит договоры, понятна их логика, последовательность указания существенных условий и дополнительных обстоятельств. Для обычного стандартного договора указание пункта о зарегистрированных в квартире не обязательно. Зато обязателен пункт о том, что квартира отчуждается свободной от права пользования ею третьими лицами (см. ответ Васи). Тем не менее очень часто покупатель настаивает на включении пункта о зарегистрированных и обязательстве о их снятии с рег. учёта. Такое требование, как правило, является обязательным для договоров, в которых квартиры приобретаются с использованием кредитных средств. И это требование инициировано банками, которые требуют составлять договоры по разработанной ими форме.
Если этот пункт решено внести в договор, то лучше вносить его после пунктов, в которых указаны существенные условия. К существенным условиям относятся: полные реквизиты объекта (наименование, площадь, этаж кадастровый номер, адрес), указание на каком основании объект принадлежит продавцу, цена, порядок расчёта.

В любой. И на разделы делить не обязательно. Можете вообще все пункты договора изложить в произвольном порядке.