В браке была приобретена двухкомнатная кв. в ипотеку, созаемщики, по1/2 доле жена ушла к другому

Вообще не аренда, а договор найма жилого помещения.
И, поскольку, собственность общ. долевая, то сдавать жилое помещение (или часть жилого помещения- комнату), можно только с согласия всех сособственников.
И определение порядка пользования жилым помещением соглашением сособственников или решением суда регулирует только отношения сособственников по пользованию этим жилым помещением, а не их с третьими лицами, поэтому соглашение или реш. суда- значения не имеет в этом контексте.
А Вам лучше суд, а не соглашение.
Вы возражайте в суде: Вы фактически живете в квартире, а жена ушла и не живет, зачем ей большая комната, если она все равно не проживает.
Это пока Вы уверены, что жить она не будет с Вами в этой квартире, хотя всякое может случиться, может она и вернется, но не к вам, а в квартиру, чтобы жить в ней как собственник доли в праве.
Спора об раздел. оплате (плата за жилое помещ. и комм. услуги. капремонт) у вас не было, у вас установился порядок платить поровну пропорц. доле собственности (как именно вы реализуете этот порядок нам неизвестно, может она платит по четным мес. , а Вы- по нечетным), но все может измениться, например жена перестанет платить, поэтому в суде заявляйте требование о разделе оплаты (цель- чтобы вам выставляли отдел. счета на оплату), и если она платить не будет по своему уведомлению, это будет ее лично долг.
----
По кредит. договору хорошо, что договорились и дисциплинированно платите поровну (тоже м. б. в очередь), но жена может и перестать платить, а долг общий у вас, в браке денеж. средства совм. нажитые в браке, и пофиг банку, с кого из супругов взыскивать долг.
-----------
Необоснованное предположение: "предполагаю что еще может взимать с меня какую-нибудь плату за пользование ее долей."
Нет оснований.
По дог. найма например может требовать наймодатель платы за наем от нанимателя, но у вас нет договора найма жилого помещения (части жилого помещения). и быть не может.
Понудить Вас к заключению дог. найма она не может, ибо ст. 421 ГК РФ- свобода договора.
Вы оба- сособственники жил. помещения и оба имеете право проживать в жилом помещении.

То есть с тебя вымогают 2/3 общей собственности и за которую еще платить 1/2 в ипотеку- то бишь в двойном размере?
Вот это по нашему - мама русская папа юрист.

Сдать без вашего согласия не может. И тем более ипотека.. У вас не долевая, а совместная собственность (см. документы). Живите в любой комнате, где хотите.

как понять ушла и почему, к кому?

я бы мог тебе помочь, но здесь больше дураков с другим мнением, поэтому баться тебе самому в бабском суде без правил.

Не путайте доли, их размер и определение порядка пользования. Если вы против, то т никому она ничегл не сдаст.. Необходимо ваше согласие на проживание в кварьире посторонних людей. Выгоните их и все или выселите чернз суд.