Сотрудник не был в отпуске 3 года, сейчас решил взять отпуск сразу, как правильно его оформить по приказу

отпуск ни куда не пропадает, это бред. ни чего подобного в ТК РФ нет. там сказано, что запрещается непредоставление ежегодного оплачиваемого отпуска в течение двух лет подряд. за то, что работодатель своевременно не отправил работника в отпуск прдусмотрена административная ответственность, но отпуск работника при этом ни куда не девается, предосавить его вы обязаны. правильно - оформляете 3 приказа, отпуск за каждый рабочий год отдельно.

Нужно предоставить отпуск за 2 года; а за третий год будет выплачена компенсация при увольнении.

почитай внимательно новые изменения в ТК РФ. там есть статья, что за 2 года отпуск уже пропадает

Ольга права, отпуска никуда не пропадают, а ограничение там только в том, что работодатель не имеет право 2 года не предоставлять отпуска, а как это регулируется не сказано, нет ничего про компенсацию за третий год и нет никакого наказания за подобное. Но я не вижу смысла издавать 3 приказа. В одном приказе вы должны указать с какого по какой период предоставлен отпуск, т. е. все 3 года работы например: с 03-04-10 по 02-04-2013. и срок в календарных дня, если у вас их 28 за год, т. е. 84 дня.

Три приказа-то зачем? Одного достаточно. Но за первый год только денежная компенсация, поскольку речь фактически идет о переносе отпуска. И в этой части ТК содержит ограничения.