Почему Наполеон пошел на Москву, хотя столицей был Санкт-Петербург...?

Ну и что ему было делать в Петербурге, Эрмитаж грабить? Наполеон мечтал разбить русскую армию и добиться мирных переговоров, просьб о пощаде. Между тем, 1-я русская армия под командованием М. Барклая де. Толли (прикрывала петербургское направление) и 2-я армия П. Багратиона - (московское направление) 3 августа 1812 г. потерпели поражение в битве под Смоленском. Оставалась еще 3-я армия А. Тормасова - на киевском направлении. Огромное превосходство сил противника сразу обнаружило всю опасность разделения русских войск и вынудило изменить первоначальный план: вместо действий разъединенными силами, пришлось стремиться к соединению их. Война затягивалась. Потери французской армии, преследовавшей русские войска, росли, ее снабжение ухудшалось. На оккупированных землях поднималась волна партизанского движения. Из Смоленска Наполеон отправил Александру I предложение о заключении мирного договора, но ответа не получил. Двигаясь вслед за русскими армиями Наполеон продолжил наступление на Москву в надежде на генеральное сражение. Подробности здесь : http://www.bibliotekar.ru/beo/179.htm

Войска Наполеона пошли на Москву, а союзнические войска Пруссии на Санкт-Петербург))

Затем, что он вовсе не собирался этого делать.

Цель Наполеона (в кампании 1812 года) - принудить царя Александра I к выполнению условий Тильзитского мира, а именно, к соблюдению Континентальной блокады Великобритании. Но Саша не хотел получить золотым портсигаром в висок, как огрёб его папа, и забил на запрет торговли с Островом.

Задача Наполеона - уничтожение 1-й (а по возможности и 2-й) Русской армии в генеральных сражениях в приграничных областях России и, тем самым, принуждение Александра I к мирным переговорам.

Не сложилось...