как в шенгене отслеживают нарушение "правила основного пребывания"?

В основном по штампам о въезде. Например, если Вы живете в СПб и как любой порядочный человек имеете финскую визу, а отметки о въезде/выезде стоят откуда-нибудь из Испании, то очевидно, что основной страной пребывания была не Финляндия т. к. вряд ли кому-то придет в голову ехать туда через Испанию.
Все остальные пути отслеживания в основном надуманные. Если только Вы не являетесь персоной заслуживающей индивидуального внимания. )

По штампам в паспорте + если штампы эти не показывают, к примеру, что Вы были в какой-то стране, а Вам нужно факт пребывания там показать для получения очередной визы, Вы можете сами предоставить в консульство документы, подтверждающие это. Таковыми документами являются, например, счета из отелей на фирменных бланках с печатью, посадочные талоны и т. п.

Для такого отслеживания у них есть два инструмента:
1. Штампы пограничников при въезде/выезде из зоны шенгенского соглашения. Отчасти по этой причине они и просят указать страну первого въезда в анкете-заявлении на визу.
2. Авиабилеты и билеты на паромы: регистрация на рейс производится по паспорту, кое-где требуется ещё и номер визы указать. Этим инструментом активно пользуется Финляндия, которая в свою очередь активно используется гражданами России в качестве транзитного государства.

Отель в котором вы ночевали

В основном при выезде из Шенгена

я как-то всегда ездила туда-сюда как хотела... в визах ни одно посольство никогда не отказывало... никто меня не отслеживал.