проработала в Компании чуть больше 3 месяцев, ушла в декрет. В каком размере будут выплачены декретные?

Стаж по трудовой важен! Других оснований определить стаж у работодателя обычно нет! (если не считать предъявляемых трудовых договоров и желания узнавать стаж в внебюджетных фондах) .

Что будет у вас. Берете зарплату за месяца работы у данного работодателя до месяца наступления декрета (месяц наступления декрета не учитываете) . Делите на количество календарных дней, соответствующих этой зарплате (т. е. количество календарных дней с момента приема до последнего дня месяца, предшествующего месяцу наступления декрета) . То, что получили (называется среднедневный заработок) умножаете на 140 дней.

Отпуск по беременности и родам, т. е. ваш "декрет" дается обычно на 140 дней. ст. 255 ТК РФ. Расчет делается исходя из среднего заработка в данной организации за последние 12 месяцев. Если до отпуска по БиР вы проработали в организации меньше 12 месяцев, то расчет будет исходя из среднего заработка за тот период, который вы проработали у данного работодателя.
Для расчета пособия не важен общий стаж по трудовой, но важен страховой стаж.
Статья 11. Размер пособия по беременности и родам. ФЗ № 255 от 29 декабря 2006 года "Об обеспечении пособиями по временной нетрудоспособности, по беременности и родам граждан, подлежащих обязательному социальному страхованию"

140 дней больничного оплачивают исходя из среднего заработка за 12 месяцев или по фактическому времени работы - все у того работодателя, от которого вы на больничный уходите.
Стаж по трудовой книжке не имеет значения.