В компании человек отработал 2 г. 3 месяца. За полных 2 года отпуск отгулян. Отработав 3 месяца, ушел в отпуск.

Да это законно, т. к. отпуск был предоставлен авансом. ст. 137 ТК РФ
Понятия отработка вообще нет, ни 2 недели ни 2 дня, так что требовать отработать право не имеют и прописать это в трудовом договоре, значит нарушить трудовое законодательство.
Работник обязан предупредить работодателя об увольнении не позднее чем за две недели ст. 80 ТК РФ, т. к. работник сделал это находясь в отпуске, то после получения уведомления работодателем со следующего дня пошёл отсчет двух недельного срока.

да, вычтете из его расчета. Начислите оплату больничного и сминусуйте лишние отпускные

Вправе.
Придется часть отпускных вернуть в кассу.

удержание денежной компенсации при увольнении - у нас частая процедура. Иногда человек и сам не думал увольняться и отпуск наперед отгулял. А тут место хорошее подвернулось ( например) , что ж он раб что ли? УвольняетсЯ для своих ж е интересов и чем -то надо пожертвовать...

сдерут, к сеньке идти не надо - сдерут по полной, зачем за весь год денга брал, пусть отдаст за симь месяцев,
это не излишне начисленные суммы, а суммы выданные за отработанное в действительности время, а отработал всего только пять месяцев вместе с отпуском и отработкой...

За три месяца ему и отпуск должны были дать за фактически отработанное время. Если руководство раскошелилось отпуском за год, то в момент увольнения с него следует удержать "отпускные", что выданы поверх дней, положенных за три месяца.

Странно, что его вообще отпустили в отпуск, т. к. необходимо отработать 6 мес. для того, чтобы получить отпуск 2 нед. и 12 мес. - 28 дней!
В думаю, что требовать от того работника что ли будет бессмысленно, себе дороже будет!

Отработки требовать не имеют права, если только 2 недели, мотря как у вас составлен трудовой договор. А вот удержать с вас отпускные излишне начисленные они удержат при выплате расчетных.