В каких правоотношениях с индивидуальным предпринимателем находится Шалимова? Законны ли её требования?

В данной ситуации--смешанный договор, так как в данном договоре содержатся элементы различных договоров.
К отношениям сторон по смешанному договору применяются в соответствующих частях правила о договорах, элементы которых содержатся в смешанном договоре.

Что касается предоставления части своего дома предпринимателю под магазин Шалимовой--это гражданско-правовой договор (а, именно договор аренды) и соответственно это гражданско-правовые оотношения.
Что касается об обязанности Шалимовой производить ежедневно уборку помещения в магазине с оплатой 1000 рублей ежемесячно -- вопрос спорный (это может быть как трудовой договор так и гражданско-правовой договор) необходимо знать точную формулировку этого пункта договора (возможно это договор возмездного оказания услуг---а соответственно это гражданско -правововой договор, гражданско-правовые отношения) .
При заключении гражданско-правового договора лицо, осуществляющее выполнение работ или оказание услуг, теряет ряд гарантий, которые оно бы получило, если бы работало по трудовому договору.
Например, гарантии при использовании отпусков (сохранение места работы, выплата отпускных) ;
гарантии при расторжении трудового договора (выходное пособие, преимущественное право на оставлении на предприятии) ; гарантии при временной нетрудоспособности (сохранение места работы, оплата больничных листов) .
Главное отличие трудового от гражданско-правового договора: По трудовому договору работник возмездно и лично выполняет в организации определенную трудовую функцию: инженера, экономиста, а не определенную работу или услугу, подчиняясь при этом установленным в организации правилам внутреннего трудового распорядка.
По гражданско-правовому договору лицо выполняет определенную услугу или работу. Он не подчинен правилам внутреннего трудового распорядка организации. Поэтому недопустимо в договоре гражданско-правового характера вносить следующую формулировку: "Лицо обязано соблюдать внутренний трудовой распорядок предприятия".

Договор в части сдачи в аренду под магазин - гражданско-правовой. В части работы Шалимовой - это трудовой договор, несмотря на то, что он не оформлен надлежащим образом (доказательства у нее есть вписано в договор аренды) . (часть 3 статьи 16 Трудового кодекса РФ) .
Кроме того, советую Вам как-то оформить Шалимову. Варианаты:
1)Заключить трудовой договор и предоставлять ей все положенные ей льготы (отрицательно то, что будут налоги, но они не очень большие, поскольку размер олплаты маленький)
2)Рекомендуемый вариант: Оформить договор аренды таким образом, что уборка это обязанность Арендодателя (Отрицтельно для Шалимовой -ей надо регистрироваться в налоговой как предпринимателю (сдача помещений внаем) , положительно -для вас затраты по аренде будут на законном основани уменьшать вашу налогооблагаему базу) В этом случае размер арендной платы будет = ваши теперешние платежи Шалимовой за аренду + 1000 руб. Предусмотрите санкции за неуборку помещений.
Если оставить все как есть Шалимова со временем "оборзеет" + будут неприятности от налоговой (в частности, налоговая может не принять вашаи затраты по аренде и на оплату труда (1000 руб+отпускные и др. - не офрмлено же) , трудинспекции, прокуратуры и пр.