у водителя большая недостача по бензину, он написал заявление на увольнение и ушел на больничный, подскажите, что делать

Узаконьте недостачу и письмено (заказным письмом с уведомлением о вручении адреса) уведомите его о числящейся за ним недостаче и предложите : 1)явиться самому для решения вопроса о погашении недостачи ; 2) дать в установленные сроки письменный ответ о принятом им решении по этому вопросу. Если отказ - обращайтесь в суд. К вашему письму приложите копию акта инвентаризации с указанием недостачи на сумму.

при окончательном расчёте вычесть недостачу...

Ждать пока выйдет с больничного, так увольнять нельзя. А все учесть при окончательных расчетах.

Пусть напишет объяснительную, а при увольнении удержите с него всю недостачу.

вы же будите его рассчитывать при увольнении, так сделай перерасчёт с условиями договора!! если конечно он у вас материально ответственное лицо, а если нет то увы ничего у вас не получится!!!! смотрите сами но я бы вам просто предложил нормально разойтись, ну можете его припугнуть статьёй в трудовой, если она конечно заведена на него!!!)) а если нет то это просто вам урок на будущее что условная договорённость ни чем не наказуема!!! интересно как вы недостачу определили???

Ну если документально подтвердить можете, то припугните ОБЭП, пусть вернёт деньги полюбовно, если нет, то с заявлением в ОБЭП.

вот еслиб он получил на руки трудовую и ращетные то ничего бы не смогли зделать
а так вычитать с ращетных