Можно ли к работнику одновременно применить 2 наказания: выговор и удержание из З/п.

тут получается так:
1)дисциплинарное взыскание - выговор
2)взыскание материального ущерба (это не дисциплинарное взыскание)

так что всё по закону (ст. 192-194 ТК РФ, ст. 244-248 ТК РФ) .
только если удерживается сумма не более его 1 зарплаты.
если больше 1 зарплаты и он не согласен - только в судебном порядке (ст. 248 ТК РФ)

За дисциплинарное правонарушение НЕЛЬЗЯ применить два дисциплинарных наказания.
Перечень наказаний указан в ТК РФ и расширенному толкованию не подлежит : Выговор, строгий выговор, увольнение - ВСЕ.
Что касается удеражний из з/платы то ТК (ст. 137) ЗАПРЕЩАЕТ ПРОИЗВОДИТЬ КАКИЕ ЛИБО УДЕРЖАНИЯ ИЗ З/ПЛАТЫ РАБОТНИКОВ кроме случаев предусмотренных законом. Ваш случай не предусмотрен законом.
НО НО НО есть понятие уменьшение размера премении или иных стимулирующих доплат. Случай уменьшения таких доплат работникам имеющим дсциплинарные наказания как правило прописываются в локальных актах Предприятия : Положения по оплате труда, Положения о выплате премиальных Коллективных договорах и т. п. документов.

Что касается возмещения ущерба за выведенное из строя оборудование - то это есть не наказание, есть а элеметарное возмещение работником ущерба причиненного Работодателю и регулируется сия процедура гл. 38 ТК РФ

К работнику можно применять и дисциплинарное наказание и в случае наличия достаточных оснований уголовное.
Удержание, т. е. возмещение работником действительного ущерба, причинённого работодателем (мат. ответственность) должно производиться по определённым правилам, если работник не согласен-только через суд возмещение.

Согласно КЗоТ может быть применено только одно наказание

Можно - если он действительно этого заслуживает.