Ситуация - после подписания акта выполненных работ прошло 3 года, сейчас при проверке выявленны невыполненные работы и з

Я так понимаю вас интересует срок давности? но в вашем случае срок давности начинает истекать толко сейчас.
Статья 196 ГК РФ. Общий срок исковой давности
Общий срок исковой давности устанавливается в три года
Статья 200 ГК РФ. Начало течения срока исковой давности
1. Течение срока исковой давности начинается со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права. Изъятия из этого правила устанавливаются настоящим Кодексом и иными законами.

Срок исковой давности - три года со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права - это так, но посмотрите договор на подрядные работы и ответьте на вопрос - а были ли эти невыполненные работы предусмотрены при заключении договора подряда - если были и не выполнены, и в подписанном акте также не указаны - можно наччать судиться, и объяснить как это вы пропустили и недоглядели эти самые невыполненные работы (возможно, они были неявными - в сроительстве, например, Вы можете и не узнать уложен, к примеру, утеплитель в стены и какой и сколько сантиметров и прочее - это для примера).

Если Вы хотите предъявить что-то, то не вариант. В акте выполненных работ должно быть указано, что работы выполненны своевременно, с надлежащим качеством и в полном объёме. Тоесть Вы этим актом подтвердили, что Вас всё устраивает .

срок исковой давности составляет три года и он прошел.