Работодатель (ООО) предлагает устроиться на работу не как обычно - с зачислением в штат компании, а путем оформления

Для предприятия плюс в том, что вместо того, чтобы им платить взносы в ПФ, медстрах и соцстрах (а эти взносы вообще-то огромные) , вы сами будете за себя платить скоырее всего фиксированные платежи.
Для вас особых плюсов нет; но если сейчас все перейдут на такую схему, особого выбора не будет. Можно сказать, что огромные взносы с фонда зарплаты вынуждают переходить всех на это. Если не найдете других предложений, то пойти на такой вариант можно, если предприятие давно и устойчиво существует и нет текучки - значит, не кидалово.
Насчет 6%: не знаю, чем вы занимаетесь, обычно такое предлагают шоферам. В нашем регионе автоперевозки подпадают под ЕНВД, там расчет совершенно иной; а 6% при УСН платится с вала, а не с зарплаты - т. е. расходы на запчасти и бензин в расчет приниматься не будут. И не забывайте о фиксирпованных платежах в Пенсионный фонд, отчислениях в медстрах и соцстрах.

Минус один, но очень большой. Отвечать за все действия будете только Вы. (налоги, страховые и т. д.) . И получать Вы никаких социальных гарантий не будете.

заниматься предпринимательством ваше права. . ваши отношения будет регулировать гк рф, а не тк рф..

Кроме того, что Вы будете платить налоги самостоятельно, из своей "зарплаты", никаких больничных, оплачиваемых отпусков, выплат в случае сокращения и всего того, что гарантирует Трудовой кодекс, Вам не положено, так что думайте сами, стоит ли устраиваться на такую работу. И, если кинут с зарплатой, тоже ничего из работодателя не выжмите, кроме того размера вознаграждения, которое указано в договоре, если этот размер вообще указан.

Минус в том, что работать с Вами как ИП будут по гражданско-правовому договору. Поэтому никаких гарантий, предусмотренных ТК РФ, Вам не положено. От Ваших работ (услуг) всегда можно будет отказаться. Страховые взносы будете уплачивать самостоятельно.