В каком размере оплачивается замена болеющего сотрудника?Сколько % ?

В данном случае имеет место совмещение профессий. Оплата (надбавка) за совмещение профессий устанавливается по договоренности между работодателем и работником. То есть вам нужно во-первых увидеть приказ. Во вторых, вы работаете в бюджете. Там имеется приказ (номеров не вспомню, на работе надо посмотреть) что оплата в данном случае до 50% от оклада. А оклад и нянечек я пологаю порядка 4800 руб. Исходя из этого вам и заплатили. Но в принципе, вам также полагаются все надбавки, которые нянькам установлены. Но добиться этого так долго и муторно....

Согласно ст. 60.2 Трудового кодекса РФ с письменного согласия работника ему может быть поручено выполнение в течение установленной продолжительности рабочего дня наряду с работой, определенной трудовым договором, дополнительной работы по аналогичной должности.
В соответствии со ст. 151 ТК РФ при расширении зон обслуживания, увеличении объема работы или исполнении обязанностей временно отсутствующего работника без освобождения от работы, определенной трудовым договором, работнику производится доплата.
Размер доплаты по общему правилу устанавливается соглашением сторон трудового договора с учетом содержания и (или) объема дополнительной работы.
При этом отметим, что трудовое законодательство не устанавливает никаких ограничений в отношении размеров доплаты. Размер доплаты должен быть определен и указан в соглашении сторон трудового договора.

Постараюсь сказать проще предыдущих ораторов. Процесс реализации выполнения дополнительного объема работ за временно отсутствующего работника должен по "простому" выглядеть так. Человек заболел. Ваш непосредственный руководитель пишет служебную записку на имя руководителя организации, примерного содержания: на период временной нетрудоспособности ИВАНОВОЙ прошу назначить ПЕТРОВУ с надбавкой к должностному окладу ХХ%, руководитель ставит свою визу (то бишь предложение) , допустим установить надбавку ХХ-10%, вы пишите на заявлении отметку о своем согласии, и в случае согласия составляется приказ с надбавкой ХХ-10%. Если вы не согласны, то соответственно и не выполняете эту работу. Но главный смысл в том, что вы приступаете к такой работе после ознакомления с приказом, а соответственно зная сколько вы получите. Будьте внимательнее на будущее и не делайте работу, за которую вам могут не заплатить ни копейки - до момента ознакомления с приказом.. . Сейчас вам могут насчитать, что угодно, но можно поправить и бухгалтерию и отдел кадров. Если нужны данные, как и на что опираться, пишите в личку, отвечу юридическим языком для вашего руководителя.