Имеет ли право работодатель требовать деньги за оплаченный отпуск взамен на трудовую при увольнении?

откуда ж вы такие беретесь, непуганные.
Вы явно не заработали 2х полных отпусков по 28 дней. Где-то на 1.5 отпуска есть.
Так что их требование о возврате части отпускных правомерно, вопрос только в размере суммы, но вы и сами можете прикинуть. Неправомерно требование сопровождать угрозой задержки трудовой.
Но при этом над вами реально висит угроза увольнения по статье. Ибо устное предупреждение ни стоит ни гроша.
Если угроза станет реальной и вы хотите не попасть, то
1. никому не говорите, что заяву не писали.
2. направьте им заявление почтой (заказное письмо с уведомлением о вручении и описью) , дату оставьте прежнюю, напишите на заяве повторно
в описи напишите так же.
3. напишите в ГИТ (гос. инспекция по труду) заяву на работодателя. В ней пишите, что заяву впервые подавали в декабре, работодатель принял. Копию не брала, так как это было по согласованию с работодателем.
На работу больше не выходила, так как считала себя уволенной.
остальное по хронологии.

Не буду считать. Если дали денег больше, чем надо, то требовать возврата имеют право. Но не путём задержки тр. книжки.
В день прекращения трудового договора работодатель обязан выдать работнику трудовую книжку (часть 4 статьи 84.1 Трудового кодекса Российской Федерации) .
Задерживая выдачу работнику трудовой книжки, работодатель тем самым незаконно лишает работника возможности трудиться, так как, не имея на руках трудовой книжки, работник лишен возможности поступить на работу к другому работодателю.

Следовательно, работодатель обязан возместить работнику не полученный им за все время задержки заработок (ст. 234 Трудового кодекса Российской Федерации) .
Днем увольнения (прекращения трудового договора) в этом случае считается день выдачи трудовой книжки.
О новом дне увольнения работника (прекращении трудового договора) издается приказ (распоряжение) работодателя, а также вносится запись в трудовую книжку.
Ранее внесенная запись о дне увольнения признается недействительной (ч. 4 п. 35 Правил ведения и хранения трудовых книжек, изготовления бланков трудовой книжки и обеспечения ими работодателей, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 16 апреля 2003 года № 225 «О трудовых книжках») .
Также, работник может потребовать возмещения морального вреда.
В случае возникновения спора факт причинения работнику морального вреда и размеры его возмещения определяются судом (ст. 237 Трудового кодекса Российской Федерации) .
При определении размеров компенсации морального вреда суд должен учитывать степень физических и нравственных страданий, связанных с индивидуальными особенностями работника, которому причинен моральный вред (ст. 151 ч. 2 Гражданского кодекса Российской Федерации) .
Компенсация морального вреда осуществляется в денежной форме

Наперед обычно отпуск не дают, но если Вы отгуляли его наперед, то работодатель имеет право заставить Вас отработать.

Надо было в заявлении указать, в отпуск с последующим уувольнением, а сейчас попробуйте обратиться к юристу он всё популярно обьяснит.

В департамент по труду обратитесь, его там так отдрючат, только перед этим поговорите с начальством со включеным диктофоном в сумочке.