Чем может грозить принятие должности генерального директора в 2 ООО?

Учредитель фирмы не может быть совместителем, а вот все остальные (сооучредители, просто ГД ) запросто, ТК РФ не запрешает.
"Отметку" делать конечно надо. Это + а не " - " для вас.

Никаких проблем не возникнет, работайте хоть в ста ООО. В одном будете числиться как по основному месту, а в остальных по совместительству. Можете сделать записи в трудовой. Главное, не забывайте, чтобы взносы уплачивались.

Никаких проблем. На втором месте работы - по совместительству. Обычно записи в трудовую книжку не вносятся.

Если уж совсем-совсем хотите по правильному, то по поводу совместительства в должности директора в Трудовом кодексе есть следующая норма:
Статья 276. Работа руководителя организации по совместительству
Руководитель организации может работать по совместительству у другого работодателя только с разрешения уполномоченного органа юридического лица либо собственника имущества организации, либо уполномоченного собственником лица (органа) .
Далее - в налоговой вообще никаких проблем.
По поводу отметки в трудовой - ставится она по желанию работника. Т. е. хотите - ставите, хотите - нет. Если ставите, то по основному месту работы. Вот соответствующая норма:

Утверждены
Постановлением Правительства
Российской Федерации
от 16 апреля 2003 г. N 225

ПРАВИЛА
ВЕДЕНИЯ И ХРАНЕНИЯ ТРУДОВЫХ КНИЖЕК, ИЗГОТОВЛЕНИЯ
БЛАНКОВ ТРУДОВОЙ КНИЖКИ И ОБЕСПЕЧЕНИЯ ИМИ РАБОТОДАТЕЛЕЙ
20. Сведения о работе по совместительству (об увольнении с этой работы) по желанию работника вносятся по месту основной работы в трудовую книжку на основании документа, подтверждающего работу по совместительству.