Беременную отправляют в другое структурное подразделение в другом конце города. Имеет ли право отказаться, если

На основании справки от врача, что ограниченно передвигаться или как то так...

отказаться может, но это будет означать невыход на работу и оплачен этот день не будет, потом на декретных отразиться

Зинаида, Трудовым кодексом РФ (далее-ТК РФ) , например, ограничивается применение труда женщин на тяжелых работах и работах с вредными и (или) опасными условиями труда (ст. 253), или же беременным женщинам в соответствии с медицинским заключением и по их заявлению снижаются нормы выработки, нормы обслуживания либо эти женщины переводятся на другую работу, исключающую воздействие неблагоприятных производственных факторов, с сохранением среднего заработка по прежней работе (ст. 254).
В вашем случае, к большом сожалению, увы.
В соответствии с частью 3 статьи 72.1. ТК РФ НЕ ТРЕБУЕТСЯ СОГЛАСИЯ РАБОТНИКА НА ПЕРЕМЕЩЕНИЕ (как я полагаю, в вашем случае - это перемещение) у того же работодателя на другое рабочее место, в другое структурное подразделение, но расположенное в той же местности, поручение ему работы на другом механизме или агрегате, если это не влечет за собой изменения определенных сторонами условий трудового договора.
Так в постановлении Верховного суда РФ от 17 марта 2004 г. № 2 «О применении судами РФ Трудового кодекса РФ» , в частности, отмечается, что изменение места работы в пределах одной организации без изменения трудовой функции ТРЕБУЕТ ПИСЬМЕННОГО СОГЛАСИЯ ЛИШЬ В ТОМ СЛУЧАЕ, ЕСЛИ, В ТРУДОВОМ ДОГОВОРЕ МЕСТО РАБОТЫ РАБОТНИКА БЫЛО ОПРЕДЕЛЕНО С УКАЗАНИЕМ КОНКРЕТНОГО СТРУКТРНОГО ПОДРАЗДЕЛЕНИЯ, А ОНО В ПРОЦЕССЕ ПЕРЕМЕЩЕНИЯ РАБОТНИКА ИЗМЕНЯЕТСЯ. Под структурным подразделением организации следует понимать как филиалы и представительства, так и отделы, цеха, участки и т. д.
Терпения вам и удачи, берегите себя!

Поищите в поисковике -
ТРУДОВЫЕ ПРАВА БЕРЕМЕННЫХ