законно ли вычитать из оплаты больничного деньги которые заплатили за учебный отпуск?

Вы не можете одновременно находиться и в отпуске, и на больничном. Поэтому и вычли. В табеле у вас стоит больничный. Обычный отпуск тоже прервался бы этим больничным, но он продлился бы на количество дней, которые вы болели.
Вам не могут платить 2 разных оплаты за одни и те же дни. Тогда не приносили бы на работу больничный, был бы просто учебный отпуск.

Незаконно, ваш бухгалтер идиот. Больничный во время учебного отпуска не подлежит оплате!

это законно

Вы бы хоть даты написали, чтоб людям понятнее было :)))
ВОТ ПО ВАШЕЙ СИТУАЦИИ:
Вопрос: Работник написал заявление о предоставлении учебного отпуска с 20 декабря по 20 января с приложением справки-вызова. Работнику рассчитаны и выплачены отпускные. По окончании учебного отпуска работник на работу не вышел, а 25 января принес листок нетрудоспособности, в соответствии с которым он с 15 по 24 января 2013 г. болел. За какой период организация должна выплатить работнику пособие по временной нетрудоспособности: за 10 календарных дней (с 15 по 24 января) , 6 из которых пришлись на время учебного отпуска, или за 4 дня (с 21 по 24 января) , когда у работника закончился учебный отпуск?

Ответ: Если период временной нетрудоспособности пришелся на те дни, когда работник находился в учебном отпуске (с 20 декабря по 20 января) , то выплачивать ему пособие по временной нетрудоспособности за эти дни организация не должна. Пособие назначается за период нетрудоспособности с 21 по 24 января, при этом первые три дня (21 - 23 января) пособие выплачивается за счет работодателя.

Обоснование: Согласно ст. ст. 173, 174, 175 Трудового кодекса РФ работникам, успешно обучающимся по заочной или очно-заочной формам обучения в имеющих государственную аккредитацию учреждениях высшего, среднего или начального профессионального образования, работодатель предоставляет дополнительные отпуска с сохранением среднего заработка.
Порядок расчета пособия по временной нетрудоспособности установлен Федеральным законом от 29.12.2006 N 255-ФЗ "Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством" (далее - Закон N 255-ФЗ) .
В случае утраты трудоспособности вследствие заболевания или травмы работникам выплачивается пособие по временной нетрудоспособности (п. 1 ч. 1 ст. 5 Закона N 255-ФЗ) .
Пособие выплачивается за весь период нетрудоспособности. Если дни нетрудоспособности совпали с периодом, когда работник освобождался от работы в соответствии с законодательством (с сохранением заработка или без оплаты) , то такие дни нетрудоспособности оплате не подлежат. Исключение составляет только ежегодный оплачиваемый отпуск (ч. 8 ст. 6, п. 1 ч. 1 ст. 9 Закона N 255-ФЗ) .
Кроме того, страховым риском, то есть предполагаемым событием, с которым связано наступление негативных последствий для застрахованного лица, является временная утрата заработка (ч. 1 ст. 1.3 Закона N 255-ФЗ) . Наступление временной нетрудоспособности в период учебного отпуска не влечет для работника утрату заработка, так как на период учебного отпуска за работником сохраняется средний заработок.
Таким образом, за период с 15 по 20 января пособие по временной нетрудоспособности работнику не назначается, поскольку он был освобожден от работы с сохранением среднего заработка. Данное пособие должно быть начислено работнику за четыре календарных дня начиная с 21 января. При этом первые три дня (с 21 по 23 января) пособие выплачивается за счет средств работодателя (п. 2 ч. 1 ст. 1.2, п. 1 ч. 2 ст. 1.3, п. 1 ч. 2 ст. 3 Закона N 255-ФЗ) .
http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=QUEST;n=121407;div=LAW;mb=LAW;opt=1;ts=A10D88EF887C11D122A8EB2519CE4D71;rnd=0.9075972922648574

надо было выбирать либо отпуск, либо б/л. раз есть б/л вот его и оплачивают, так как не оплачивать не имеют права.