Хочу обратиться в трудовую инспекцию с жалобой на организацию, помешает ли это при следующем трудоустройстве ???

Это очень трудный вопрос, но я думаю - что нет, не помешает.
Тоесть, даже если у них есть служба безопасности, и они всё узнают, на нормальную работу, где права работника не нарушаются и есть все социальные гарантии вас возьмут, логично? Проверять будут кол-во больничных, выговоры, неудачи, подозрения на пром. шпионаж, мнение вышестоящего начальства (возможно, если есть такая возможность) и т. д.
А требовать то, что вам положено - тут ничего криминального и незаконного нет!

А чем будешь доказывать вычеты, удержания... .
Документы, копии документы на руках есть?

В заявлении в трудовую инспекцию укажите свои данные — фамилию, имя и отчество, домашний адрес, место работы. Если вы не сделаете этого, то ваша анонимная жалоба не будет рассмотрена. Не нужно переживать, что ваши данные будут переданы кому-либо, потому что в соответствии с законодательством Российской Федерации, государственные инспекторы обязаны сохранять конфиденциальность гражданина, на основании чьего заявления или жалобы проводится проверка. В самой жалобе вам нужно будет описать ваш конкретный случай, приложите к жалобе и документы, которые доказывают нарушение ваших прав. Жалобу в трудовую инспекцию нужно составлять в двух экземплярах.

Подать жалобу вы можете, явившись лично в инспекцию по труду, а можете и отправить ее по почте — заказным письмом. Если вы решите лично вручить жалобу инспектору, то он должен будет на втором экземпляре, который останется у вас, поставить дату и подпись. Если же вы отправите жалобу почтой, то вам выдадут уведомление о дате доставки вашего письма.

Ваша жалоба, направленная в трудовую инспекцию, будет рассмотрена в течение месяца с момента ее принятия. Бывает и так, что срок рассмотрения жалобы продлевается, но продлить его больше чем на месяц не могут. И если вдруг срок рассмотрения вашей жалобы будет продлен, то вам об этом обязательно должны сообщить.

Так, после подачи жалобы, можете быть уверены в том, что будет проведена проверка. Во всяком случае, трудовая инспекция обязана ее провести. Если в ходе проверки будут выявлены какие-либо нарушения, то инспекция занесет их в акт, который составляется по результату проведенной проверки. Руководству предприятия дается определенный срок, в течение которого оно обязано устранить все нарушения.
Укажите, что проверку просите провести анонимно, не уточняя, кто конкретно обратился с претензией. Ваша просьба должна быть учтена.