Подано заявление о взыскании недостачи после увольнения,

1. Нужно увидеть приказ о назначении директора магазина материально-ответственным лицом. И вы должны с ним ознакомится под подпись. Только в этом случае у вас должен быть на руках договор о полной/ограниченной материальной ответственности. В магазине есть кассиры/кладовщики и пр. персонал с ответственностью - за вами НЕ закрепленной.
2. В момент вашего вступления в должность должен быть приказ на создание ревизионной комиссии и акт ревизии с вашей подписью. В акте указывается положение вещей на отчетную дату - убыток/недостаток или все ок. Такой акт НЕВОЗМОЖНО аннулировать.
3. При проведении последующих инвентаризаций также должны указываться неурегулированные суммы. Они не могут "всплыть" их прошлого просто так. Не может быть и предварительного варианта, т. к. в акте четко указывается время начала и окончания ревизии. Кроме этого в заявлении в полицию не может быть написано "похищено около 5 млн. р. ". Если похищено - то столько-то.
Обязанность доказывать обвинения лежит на истце. Вы не обязаны доказывать свою невиновность. Конституция, ст. 49 п. 2

Теоретически Вам можно предъявить претензии только от инвентаризации при вступлении в должность и при увольнении. Причём они должны быть проведены в присутстсвии всех материально ответственных лиц. Если хоть один момент при проведении нарешен, то результаты инвентаризации ничтожны.
А так согласен с предыдущим оратором, доказывать будет истец, т. е. владелец магазина.
Статья 243. Случаи полной материальной ответственности.
Материальная ответственность в полном размере причиненного ущерба возлагается на работника в следующих случаях:
1) когда в соответствии с настоящим Кодексом или иными федеральными законами на работника возложена материальная ответственность в полном размере за ущерб, причиненный работодателю при исполнении работником трудовых обязанностей;
2) недостачи ценностей, вверенных ему на основании специального письменного договора или полученных им по разовому документу;
3) умышленного причинения ущерба;
4) причинения ущерба в состоянии алкогольного, наркотического или иного токсического опьянения;
5) причинения ущерба в результате преступных действий работника, установленных приговором суда;
6) причинения ущерба в результате административного проступка, если таковой установлен соответствующим государственным органом;
7) разглашения сведений, составляющих охраняемую законом тайну (государственную, служебную, коммерческую или иную), в случаях, предусмотренных федеральными законами;
8) причинения ущерба не при исполнении работником трудовых обязанностей.
Материальная ответственность в полном размере причиненного работодателю ущерба может быть установлена трудовым договором, заключаемым с заместителями руководителя организации, главным бухгалтером.
Статья 244. Письменные договоры о полной материальной ответственности работников.
Письменные договоры о полной индивидуальной или коллективной (бригадной) материальной ответственности, то есть о возмещении работодателю причиненного ущерба в полном размере за недостачу вверенного работникам имущества, могут заключаться с работниками, достигшими возраста восемнадцати лет и непосредственно обслуживающими или использующими денежные, товарные ценности или иное имущество. Перечни работ и категорий работников, с которыми могут заключаться указанные договоры, а также типовые формы этих договоров утверждаются в порядке, устанавливаемом Правительством Российской Федерации.
Вообще почитайте главу 39 ТК РФ, она вся про матответственность.