Какие могут быть основания в отказе выдачи справки 2-ндфл бывшему (уволенном) сотруднику?

Есть только одно основание: полная ликвидация юридического лица. Т. е. если работники те же, но шарашка другая, то ничего не дадут.

жалобу на сайт гос инспекции труда

Никаких абсолютно.

никаких
самодурство начальника
пишите заявление:
на основании ст 62 прошу выдать справку 2-ндфл
зарегистрируйте
если нет возможности зарегистрировать - вышлите заявление почтой заказным письмом с уведомлением о получении
после получения ждите неделю
если справку не выдадут -
заявление в суд
1. прошу обязать такого-то козла выдать справку
2. прошу взыскать в мою пользу компенсацию причиненного морального вреда 10 тыс руб
госпошлину платить не надо

Согласно ст. 62 ТК РФ По письменному заявлению работника работодатель обязан не позднее трех рабочих дней со дня подачи этого заявления выдать работнику копии документов, связанных с работой (копии приказа о приеме на работу, приказов о переводах на другую работу, приказа об увольнении с работы; выписки из трудовой книжки; справки о заработной плате, о начисленных и фактически уплаченных страховых взносах на обязательное пенсионное страхование, о периоде работы у данного работодателя и другое). Копии документов, связанных с работой, должны быть заверены надлежащим образом и предоставляться работнику безвозмездно.

Согласно ст. 80 ТК РФ По истечении срока предупреждения об увольнении работник имеет право прекратить работу. В последний день работы работодатель обязан выдать работнику трудовую книжку, другие документы, связанные с работой, по письменному заявлению работника и произвести с ним окончательный расчет.

То есть, вам необходимо написать заявление и работодатель обязан будет в это же день выдать вам справку. Если откажет, то обращайтесь в трудовую инспекцию.

Желаю удачи!