Имеют ли право снимать с сотрудников недостачу магазина?

Обратитесь за помощью в Федеральную инспекцию труда и прокуратуру. Они ОБЯЗАНЫ Вам помочь. И, что особенно ВАЖНО: Государственные инспекторы труда и прокуроры обязаны считать абсолютно конфиденциальным источник всякой жалобы на недостатки или нарушения положений трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права, воздерживаться от сообщения работодателю сведений о заявителе, если проверка проводится в связи с его обращением, а заявитель возражает против сообщения работодателю данных об источнике жалобы.
Они накажут работодателя, но, имейте ввиду, что Вы соучастник, так как согласились работать без договора, тем самым помогая работодателю не платить социальные взносы в Пенсионный фонд, ФСС и Медстрах. Тем более, что неуплату социальных взносов предложили сделать уголовным преступлением. Например, за выплату "серой" зарплаты предпринимателей предложили лишать свободы на срок до семи лет. Соответствующий законопроект правительство направило в Госдуму.
Заодно и с недостачей разберутся.

договор о материальной ответственности заключен? или таковое в трудовом договоре прописано?

тут два варианта. 1 вариант вы работаете просто так ( по документам) как волонтер. исход жалобы- завтра будет стоять другой волонтер. 2. вы работаете официально с мат ответсвенностью, тогда просите на руки копию договора или перезаключайте с должностными обязанностями. любой вычет должен прогоняться приказами и актами ревизии, без этого все незаконно.

Если в голую попу втыкать инородное тело. Вы сопротивляться будете или вопросы задавать?