Хочу открыть ИП, но в доп. соглашении с работодателем стоит пункт, о запрете предпринимательской деятельности.

Как Вы договором приняли это ограничение - так договором можете его и изменить.
Договоритесь с работодателем об изменении формулировки - что предпринимательская деятельность на условиях непричинения ущерба основному работодателю и ОКВЭД не пересекается.
Здесь может быть такая неувязка.
Допустим, накосячили Вы что-то, как ИП. ИП отвечает по своим обязательствам всем своим личным имуществом. И начали Вы банкротиться. Проблемы и дисквалификация на несколько лет - запрет занимать руководящие должности. А где им еще двух таких директоров найти.
Либо - срочно начинаете решать свои проблемы, в ущерб этим двум организациям, деньги со счетов выводите, схемы реализовываете... Разгребать после Вас - зачем это нужно работодателю. А от Вас зависит дело, работники, имущество, обязательства перед партнерами работодателя.
А предпринимательство - это всегда предпринимательский риск. И он будет касаться Вашего работодателя. А зачем ему это воспаление узлов между ногами сзади.
Что мешает на супругу ИП открыть?

Не может чел занимать две руководящие, одна из них должна быть основная, а вторая совместительство.

Никак не пойму каким боком тут ИП.

ТК РФ Статья 276. Работа руководителя организации по совместительству

Законодательством РФ предусмотрен запрет на занятие предпринимательской деятельностью только для отдельных категорий работников и руководителей ( директора МУП, ФГУП и пр., а также госслужащие, сотрудники силовых ведомств и т. д.).
Для иных категорий руководителей такой запрет не имеет законных оснований и не может быть установлен, кроме как по решению суда. Тем более то, что касается периода ПОСЛЕ увольнения. Это уже называется самоуправство со всеми вытекающими.

Такое соглашение не может ущемлять чьи-то конституционные права, исходя из самого смысла соглашения.
Изменение позиции ни на что не влияет и не нивелирует законность такого соглашения.