облагается ли налогом выплата компенсации по соглашению сторон?

если речь идёт о выплате компенсации (выходного пособия) при увольнении по соглашению сторон, то, как со всякого дохода работника, работодатель обязан удержать с него подоходный налог

работодатель не может удерживать налог с тех доходов работника, которые были получены не во время и не за время работы, например: работник восстановлен на работе по решению суда, за незаконное лишение его права трудиться суд взыскивает с работодателя компенсацию (ст. 234 ТК РФ) . вот с этих денег работник должен заплатить налог самостоятельно (как же, жди родная страна...) , потому что в этот период работник там не работал и работодатель не являлся его налоговым агентом

не облагается

Ничего уточнять не надо. Налогом не облагается.

Налогом на доходы 13% облагаются все выплаты в пользу работника, за искл. матер. помощи в размере 4000 руб в год. ЕСН с компенсаций не взымается и налог с неё организация не платит

Это смотря какая именно компенсация. Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения) налогом на доходы физических лиц, указаны в ст. 217 Налогового кодекса http://www.consultant.ru/popular/nalog2/3_3.html#p3143 (если тебя интересует уплата именно НДФЛ)
Сверься с данной статьей или уточни вопрос - на основании какого документа установлена такая компенсация и с чем она связана.

Компенсационные выплаты не облагаются налогами, но уточните налог на доходы (удерживается, но не во всех случаях)