Скажите, зачем в данном предложении используется Present Perfect? Зачем он здесь? What could have happened to it?

Для того, чтобы понять, почему иcпользуется Present Perfect (хотя на самом деле это не Present Perfect, а перфектный инфинитив have happened после модального глагола could), нужно сравнить с похожим предложением:

1. What could happen? = Что может случиться? (речь о будущем с некой долей неуверенности, поэтому не can, а could) или Что могло бы случиться? (рассуждения в сослагательном наклонении, "а что если бы", здесь could - это can в сослагательном наклонении о настоящем/будущем или вообще)

2. What could have happened? = Что могло (потенциально) случиться? (речь о прошлом, с определенной долей осторожности) или Что могло бы (в прошлом) случиться? (рассуждения в сослагательном наклонении о прошлом)

Could выражает одно и то же значение в предложениях 1. и 2. (либо неуверенное предположение, либо сослагательность) . А как же выразить идею "прошлого" во втором предложении? Для этого используется перфектный инфинитив have happened. Он указывает на то, что речь о прошлом. Именно это отличает предложение 2. от предложения 1. Перфектные инфинитивы выражают идею прошлого времени после модальных глаголов, так как модальные глаголы либо не имеют формы прошедшего времени, либо в своей форме "якобы прошедшего времени" часто выражают не прошедшее время, а сослагательность или допущение (неуверенное предположение или вежливую просьбу) , т. е. являются менее категоричными. Can-could, will-would, shall-should, may-might.

Потому что он идет после модального глагола. И это не презент, а инфинитив (начальная форма перфекта) . Он нужен здесь для передачи прошедшего времени в сослагательном или индикативном наклонении. Could может быть показателем этой сослагательности или показателем прошедшести, которая в добавок дюративна или результативна ( актуальность на момент речи) .
1. Что бы там могло случиться ?
2. Что там могло случиться (с этим) ?
В обоих случаях есть смысловая связь с моментом речи, человек еще ждет, интересуется, тревожится.

здесь Present Perfect показывает, что с определенного момента в прошлом автор вопроса What could have happened to it? и тот, кому этот вопрос задан и до момента разговора между ними они не знают что произошло.