Чем отличается Have you...?Have you got...?и Do you have...?

временами отличаются.
Have you....и Do you....-это вопросительная форма предложения, которое написано в Present Simple
Have you got....-вопросительная форма предложения, которое написано в Present Perfect

Оба глагола имеют значение "иметь", "обладать". Хотя have got происходит из формы настоящего совершенного от глагола get, но в современном языке имеет то же значение, что и простые формы have. Существуют, однако, некоторые различия в их употреблении.

1) Выражение have got более употребительно в современной разговорной речи.
а) В настоящем времени чаще употребляется have got. При образовании вопроса (Question) и отрицания (Verb: negative form) have в выражении have got ведет себя как вспомогательный глагол. I've got two brothers. — У меня два брата. Have you got a headache? — у тебя болит голова?
б) В прошедшем времени выражение have got употребляется редко. Did you have good teachers when you were at school? (Had you got good teachers ...) — У тебя в школе были хорошие учителя?
в) Got не употребляется с нефинитными формами have (Finite and non-finite verbs ). I would like to have (have got) a new car. — Я бы хотел иметь новую машину.
г) Have употребляется вместо have got при описании повторяющихся или обычно имеющих место ситуаций. We don't usually have beer in the house. — Мы обычно не держим в доме пива.

Have you?-это американский вариант
Have you got?-это английский вариант

Если вспомогательный глагол на первом месте, значит это вопросительная форма.
и насколько я знаю I have got это и есть I have, тобиш I have = I have got, но I have got - это только настоящее время, а I have - в любом времени.

Do you have ...-единственная правильная структура вопроса на тему "есть ли у тебя...? "
Have you got..? -вот такую форму вопроса на принадлежность можно встретить только в разговорной речи. Грамматически это неверно.
Have you...?-ну тут вообще не на принадлежность, а просто временная структура (за подробностями можно обратиться к учебнику) . Например, "Have you ever skydived before?"

"got" - прошедшее от "get". to get -получать. Ну наверное, потому и используют в предложениях с принадлежностью =)